Câu truyện của ba phe phái trong trò chơi quan hệ chặt chẽ với nhau trong cùng một khoảng thời trang tương tự bản mở rộng Firestorm của Command & Conquer: Tiberian Sun. Chiến dịch của phe nào cũng là tài liệu tham khảo được thực hiện cho các sự kiện và nhiệm vụ xảy ra trong chiến dịch của hai phe phái còn lại.

Command & Conquer 3: Tiberium Wars bắt đầu khoảng 16-17 năm sau khi các sự kiện của Firestorm. Trong khi cuộc xung đột giữa Global Defense Initiative và Brotherhood of Nod có vẻ đã giảm xuống đáng kể, sự phá hoại của Tiberium đã bắt đầu đạt đến mức độ trầm trọng và tiếp tục tiêu diệt hệ sinh thái của Trái Đất ở mức báo động, khiến GDI phân chia thế giới thành ba khu vực địa lý khác nhau dựa trên mức độ phá hoại của từng địa phương [18]. 30% bề mặt của thế giới đã được chỉ định là "Khu đỏ" ("Red Zones"), bị ô nhiễm tồi tệ nhất và còn có thể không còn hỗ trợ con người hay nói cách khác là dạng sống dựa trên carbon. 50% các vùng trên thế giới đã được chỉ định là "Khu vàng" ("Yellow Zone"), đó là vùng nguy hiểm chưa bị ô nhiễm nặng bởi Tiberium nhưng lại có chứa hầu hết dân số thế giới. Nhiều thập kỷ chiến tranh và bất ổn dân sự đã để lại những khu vực này trong tình trạng xã hội sụp đổ và đã tiếp tục cung cấp Brotherhood of Nod cơ hội để che giấu cũng như tuyển dụng nhân lực quy mô lớn trong những năm qua. Còn lại 20% bề mặt của Trái Đất là không bị ảnh hưởng bởi Tiberium và là tương đối nguyên vẹn bởi không bị chạm đến bởi chiến tranh. Những "Khu xanh" ("Blue Zone") được xem là nơi ẩn náu cuối cùng và hy vọng của thế giới văn minh của con người và đã được đặt dưới sự bảo vệ trực tiếp của Global Defense Initiative.

Tháng 3 năm 2047, Brotherhood of Nod bất ngờ bắn tên lửa hạt nhân vào trạm quỹ đạo không gian GDSS Philadelphia của GDI, phá huỷ điểm tựa cho hệ thống chỉ huy của GDI trong một trận đánh lớn duy nhất, sau khi chiếm lấy hệ thống GDI A-SAT tại Trung tâm không gian Goddard trong một cuộc đột kích bất ngờ. Kể từ sau kết thúc của Second Tiberium War, Nod đã âm thầm xây dựng ảnh hưởng và tiềm năng quân sự của mình vào trạng thái của một siêu cường, và bằng cách thực thi sự ổn định, trợ giúp y tế và sự căm ghét chống GDI và Blued Zone từ bên trong lãnh thổ Yellow Zone, Brotherhood được hỗ trợ bởi một tỷ lệ đáng kể của dân số thế giới. Không chuẩn bị để xử lý các cuộc tấn công phối hợp lãnh đạo bởi quân xung kích của Nod trên toàn thế giới, phần còn lại của quan chức chính trị và quân sự của Global Defense Initiative bắt đầu lãnh trách nhiệm và bắt đầu tập hợp tất cả các lực lượng thường trực của mình, quyết tâm thay đổi tình thế và đạt được một chiến thắng mới trước Nod.

Khi cuộc xung đột lan rộng, một lực lượng ngoài Trái Đất chỉ được biết đến như là "Scrin" bước vào cuộc chiến, và thay đổi bản chất của Third Tiberium War hoàn toàn.

Chiến dịch

Sau khi đẩy lùi sự xâm nhập của Brotherhood of Nod vào một số Blue Zone trên thế giới, Tướng Granger của GDI, với tin tình báo thu thập được từ tù binh chiến tranh Nod, bắt đầu lo sợ rằng Brotherhood có thể chuẩn bị để sử dụng vũ khí hủy diệt hàng loạt và ưu tiên ra lệnh một tấn công vào một nhà máy sản xuất vũ khí hoá học của Nod ở gần Cairo, Ai Cập. Khi đó, GDI phát hiện ra rằng Nod không chỉ chuẩn bị để triển khai đầy đủ vũ khí hạt nhân, nhưng họ cũng đang trong quá trình sản xuất một trái bom chất lỏng Tiberium có sức tàn phá chưa từng thấy. Phản ứng của GDI đã ngăn chặn một cuộc tấn công hạt nhân từ Nod, nhưng Kane tiếp tục xây dựng bom chất lỏng Tiberium trong sở chỉ huy mới của ông là "Temple Prime" tại Sarajevo.

Temple Prime sau đó bị bao vây bởi lực lượng GDI. Tướng Granger lên kế hoạch bao vây cho đến khi Kane và Inner Circle đầu hàng, nhưng Redmond Boyle ra lệnh sử dụng Ion Canon vaò Temple Prime để loại bỏ mối đe dọa của Kane "một lần và mãi mãi". Khi Ion Canon được triển khai bất chấp sự phản đối của Granger, nó kích nổ quả bom chất lỏng Tiberium bên trong ngôi đền, tạo ra một vụ nổ lớn phóng ra ngoài không gian và giết chết hàng triệu người ở Yellow Zone thuộc Đông Âu. Kane và Inner Circle được cho là nằm trong số thương vong.

Ngay sau sự kiện thảm khốc này, mạng lưới giám sát không gian của GDI bất ngờ phát hiện nhiều vật thể lớn không xác định đang nhanh chóng tiến gần Trái Đất. Boyle ra lệnh dùng mạng lưới Ion Canon để chống lại, nhưng các con tàu không bối rối bởi cuộc tấn công và lực lượng ngoài hành tinh, chỉ được biết đến như là Scrin, đổ bộ trên Trái Đất và bắt đầu tiến vào trong các Red Zone trên thế giới, ngay sau khi phát động cuộc tấn công quy mô lớn trên tất cả các thành phố lớn trên toàn cầu. GDI dần nhận ra những cuộc tấn công là để hướng sự chú ý của họ ra khỏi việc xây dựng các tòa tháp lớn ở Red Zone trên thế giới.

Kane, người đã thoát chết bằng cách nào đó, tiết lộ cho người chơi rằng ông cố tình bắt đầu cuộc chiến với GDI để kích động cuộc tấn công bằng Ion Canon vào Temple Prime. Đó là điều duy nhất có thể kích nổ quả bom Tiberium với sức mạnh đủ để thu hút Scrin về Trái Đất. Kane hy vọng giành một trong những tòa tháp được xây dựng của Scrin, đó là các thiết bị dịch chuyển giữa các vì sao mà họ sử dụng để vận chuyển Tiberium ra khỏi hành tinh. Scrin, về phần mình, nhận ra họ đã bị lừa, vì chỉ có 5,3% Tiberium của Trái Đất là hoàn toàn trưởng thành. Tò mò, họ nhận ra Kane từ ngân hàng dữ liệu của họ, và tìm kiếm để tìm hiểu thêm về ông ta.

GDI thành công trong việc phá hủy tất cả nhưng trừ một trong những tòa tháp, được bảo vệ bởi lực lượng ưu tú của Nod, và Scrin có thể hoàn thành xây dựng tòa tháp ngay trước khi GDI phá hủy nút điều khiển trung tâm của họ ở Ý. Với tòa tháp hoàn thành, nó sẽ trở thành bất khả xâm phạm với tất cả các hình thức vũ khí được biết đến của con người và GDI không còn lựa chọn nào khác là để nó đứng dưới sự quan sát chặt chẽ, vì nó là hoàn toàn trơ ra sau sự tàn phá của điều khiển trung tâm. Kane chuẩn bị để vào tòa tháp bằng cách sử dụng mã khóa đánh cắp từ lực lượng Scrin. Khi kết thúc chiến dịch Nod, Kane đón người chơi vào Inner Circle. Scrin, trong khi đó, lên kế hoạch xâm lược Trái Đất với một lực lượng lớn hơn.

Tiểu thuyết

Một cuốn tiểu thuyết dựa trên trò chơi đã được viết bởi Keith RA DeCandido, và phát hành bởi Del Rey Books vào tháng 6 năm 2007